Thám Tử Kindaichi Kindaichi Hajime (tên thường gọi là Kindaichi) là một cậu học sinh trung học ở trường Fudo nổi tiếng quậy quá, nghịch ngợm, chuyên đi học trễ nhưng luôn là học sinh đứng đầu lớp. Thực chất Kindaichi là một người có cá tính mạnh mẽ, rất thông minh (có chỉ số IQ là 180) cùng với những suy luận sắc bén vì cậu ta là người có một dòng máu “thiên tài” từ ông nội của mình là một nhà thám tử nổi tiếng đại tài Kindaichi Kosuke.

Kindaichi có một cô bạn gái thân với nhau từ nhỏ là Nanase Miyuki, một cô gái dễ thương có tính tình đáng yêu và được rất nhiều cậu con trai đào hoa phong nhã để ý nhưng cô chỉ luôn đi theo Kindaichi dù cậu ta là một người quậy phá, vô tích sự. Kindaichi cùng với cô bạn thân Miyuki luôn phiêu lưu vào những vụ án ghê rợn, đẫm máu và đầy bí ẩn thử thách của những kẻ giết người tàn ác. Hai viên cảnh sát thường có mặt trong truyện luôn được Kindaichi hỗ trợ phá án qua những vụ án mạng là Kenmochi Isamu và Akechi Kengo.