Yu-Gi-Oh! là câu chuyện kể về Yugi Muto, một học sinh trường Domino. Tính tình nhút nhát, hiền lành. Cậu là cháu nội của Surodoku Muto. Trước đây, ông cậu vốn là một kiện tướng chơi trò chơi cực kì xuất sắc. Từ nhỏ, ông cậu đã dạy cậu chơi các trò chơi, và ông còn cho cậu một bộ xếp hình. Trong khoảng gần bảy năm, cậu đã tìm tòi và đã lắp ráp được thành Trò chơi ngàn năm(Millennium Puzzle). Nhưng cậu đã không thể hoàn thành được vì mảnh chính của trò chơi bị Joey Wheeler (Katsuya Jonouchi) ném xuống nước vì muốn chơi xỏ Yugi. Nhưng sau đó, cảm kích vì Yugi đã dùng thân mình bảo vệ cậu trong một lần bị một thằng du côn đánh, họ trở thành bạn của nhau. Joey lặn xuống nước và lấy lại mảnh chính đưa cho ông nội Yugi. Cuối cùng, Trò chơi ngàn năm đã hoàn thành. Nhưng kể từ sau khi hoàn thành Trò chơi ngàn năm, Yugi đã xuất hiện một nhân cách khác mặc dù cậu không nhận ra, đó là Yami Yugi. Cho đến khi Dark Bakura, chủ sở hữu Vòng tròn trí tuệ ngàn năm (Millennium Ring) tìm cách hại Yugi và bạn của cậu trong một trò chơi chết người, thì cũng là lúc Yugi phát hiện ra Yami Yugi. Lúc đầu cậu rất hoảng sợ khi Yami Yugi chính là nhân cách thứ hai của mình. Nhưng sau đó họ trở thành bạn của nhau.
Và rồi từ đây con đường chinh phục thế giới của cậu bắt đầu